• d’un congé de maladie ordinaire (CMO) d’un an maximum pour les pathologies les plus courantes, indemnisé à hauteur de 90 % du traitement pendant trois mois, hors jour de carence, et de neuf mois à demi-traitement ;
• d’un congé de longue maladie (CLM) en cas d’une affection grave et invalidante nécessitant un traitement et des soins prolongés, de trois ans maximum, indemnisé à plein traitement pendant un an et deux ans à demi-traitement. Le droit à CLM se renouvelle dès lors que le fonctionnaire a repris ses fonctions pendant au moins un an ;
• d’un congé de longue durée (CLD) de cinq ans maximum si le fonctionnaire est atteint d’une des maladies graves listées au niveau législatif et qu’il est dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions. Ce congé est indemnisé à hauteur de trois ans à plein traitement et de deux ans à demi-traitement. Le droit à CLD n’est pas reconstituable.

Hors imputabilité au service, au terme de ses droits à congés pour raison de santé, le fonctionnaire inapte provisoirement à reprendre le travail peut être placé en disponibilité pour raison de santé (DRS) et, s’il est atteint d’une invalidité réduisant au moins des deux tiers sa capacité de travail, il peut percevoir une allocation d’invalidité temporaire (AIT).

Le montant de cette allocation correspond, selon le degré d’invalidité, de 30 à 50 % de son traitement et de ses primes, dans la limite de 50 % du plafond de la sécurité sociale, éventuellement majoré de 40 % pour assistance d’une tierce personne.